学校其前身为始建于1973年的钦州地区师范学校。1977年开始招收普通大专生。1991年改建为钦州师范高等专科学校（简称钦州师专）。2004年，原建立于1906年的钦州民族师范并入钦州师专。2006年升格为钦州学院。2007年，在广西高校率先开设涉海专业，区教育厅同意设立首个海洋学院。2011年5月，广西区政府同意在钦州学院基础上筹建北部湾大学，被列为自治区重点推进项目。2012年11月，学校顺利通过教育部本科教学工作合格评估。2013年6月，成为教育部首批应用技术大学联盟理事高校。2014年8月，成为广西新建本科院校整体转型发展试点单位。目前，为广西沿海唯一公立本科院校，广西唯一一所获得国家高级海船船员培养培训资质和国家一级渔业船员培训机构资质的高校，现阶段为自治区政府重点建设高校。